Pour échapper aux brimades de ses camarades de classe, Tôru a une philosophie : s'exposer un minimum aux regards des autres. Car dans un monde où chaque enfant possède désormais "l'Iris", la faculté de "voir" des choses, il est l'exception qui confirme la règle. Se faire oublier est pour lui une question de survie. Mais tout bascule pour Tôru le jour où Koyuki Sasamori, une des filles les plus populaires du lycée, fait irruption dans sa classe pour lui demander une faveur. Violemment tiré de sa tour d’ivoire, Tôru se retrouve alors à la croisée de tous les regards...

Un Iris est un pouvoir spécial, permettant à une personne de voir en "réalité augmentée" si l'on peut dire. Il y a vingt-sept ans, seul 1% des enfants étaient nés avec cette capacité. Cinq ans plus tard, les courbes s'inversèrent et moins de 1% des enfants ne possédaient pas cette compétence. C'est le cas de Toru Mizushima, qui comme les adultes, n'a pas d'Iris (d'où le titre Iris Zero). Dans le passé, il a été la cible de discrimination et a été fréquemment attaqué à cause de cela. C'est pourquoi il vit quelque peu replié sur lui même maintenant, et évite de s'exposer avec d'autres élèves. Mais les choses se compliquent lorsque Koyuki Sasamori, une fille populaire du lycée, vient lui parler et lui demander de l'aide. La faculté de Koyuki permet de savoir qui est qualifié pour telle tâche, et c'est pourquoi elle doit souvent choisir les fonctionnaires et les membres du personnel. Aujourd'hui, elle doit trouver le nouveau président du conseil des élèves, et après des jours de recherches, le résultat est toujours nul.  Elle a donc cherché qui pourrait l'aider dans sa mission, et c'est Toru qui est apparu. Bien qu'il se montre assez réticent, Toru finira malgré tout à accepter cette requête et Koyuki sera finalement choisie comme président du conseil des élèves. Si Toru pensait en rester là, Koyuki est déjà devenue une partie importante de sa vie, et cela risque de changer beaucoup de choses ...