A Certain Magical Index est l'adaptation d'une light lovel écrite par Kazuma Kamachi et illustrée par Kiyotaka Haimura. Ce manga comporte actuellement 10 tomes au Japon, et est toujours en cours.  Le héros principal de l'histoire, Tôma, a le pouvoir d'annuler tout pouvoir surnaturel, appelé l'"Imagine Breaker", rien qu'en touchant une personne avec sa main droite. Mais dans la Cité Académique, la ville fourmillante d'étudiants en sciences occultes où il vit, cette capacité ne lui attire aucune estime. Comble de l’ironie, à chaque fois qu’il utilise son pouvoir, une terrible malchance s’acharne sur lui. Un jour pourtant, il va faire la rencontre d'une nonne de l'Église d'Anglicane, Index, qui est poursuivie par l'organisation de la Kaballe parce qu'elle a mémorisé une connaissance interdite de 103.000 volumes de magie. Alors que Stiyl Magnus et Kanzaki Kaori veulent effacer la mémoire d'Index uniquement pour son bien, Touma intervient et cherche un moyen de la sauver. L'Église d'Anglicane a en effet placé un sceau dans le corps d'Index pour préserver les grimoires et un système de défense anti-vol vient d'être activé.

Décidément, le 31 août n’est pas une journée de tout repos ! Alors que Tôma tente désespérément de finir ses devoirs en cette veille de rentrée, le destin semble s’acharner sur lui une fois de plus : sans cesse interrompu, il se retrouve obligé d’affronter deux nouveaux ennemis. Et si le premier s’intéresse à Mikoto d’un peu trop près, le second, quant à lui, n’hésite pas à enlever Index ! Mais le lycéen n’est pas le seul à avoir des ennuis. Accelerator, qui est devenu la cible de nombreuses attaques depuis sa défaite, voit débarquer chez lui l’une des sisters. Nom de code : Last Order ...