6000 est une série en quatre tomes, initialement publiée au Japon aux éditions Gentosha. L'intrigue débute en mer des Philippines, où un immense complexe sous-marin, le Cofdeece, repose à 6000 mètres de profondeur. Créé par une société japonaise et son partenaire chinois, le système sous-marin révolutionnaire a été victime d'un grave accident il y a près de trois ans, et aucun occupant n'a pu être sauvé de l'incendie. De nos jours, Kengo Kadokura, jeune ingénieur d'une boîte nippone qui vient tout juste d'être rachetée par une société de l'Empire du milieu, doit préparer la réouverture de la station, alors que la cause de l'accident reste toujours inexpliquée. Kengo ne peut pas refuser cette opportunité, ayant un lourd crédit à rembourser. Après une descente de quatre heures vers les profondeurs marines, Kengo s'attend à retrouver son collègue, mais ce dernier vient d'être victime d'un tragique événement. Et ce n'est que le début. Kengo ne sait pas où il a mis les pieds, et son superviseur, Mr Wen, ne révélera rien sur le passé du complexe, ni sur les motivations de la société chinoise. Qui plus est, ses nouveaux collègues semblent chercher quelque chose allant au-delà de leur simple travail. Pour ne rien arranger, lors d'un contrôle de routine, le système d'éclairage de la station tombe en panne et l'ascenseur devient inutilisable. Tout le monde est désormais piégé dans la base, et Kengo est subitement assailli par d'étranges créatures.

Face à l'augmentation de la pression interne, l'équipe technique décide de se séparer d'une partie de la base, quitte à sacrifier quelques personnes. Un sous-marin a pourtant eu le temps de sortir juste à temps du bâtiment, avec à son bord Kengo. Pendant ce temps, le directeur de la station, Mr Wen, tente de contacter la surface, et découvre que les militaires ont pris les commandes du Cofdeece. Sans hésiter, il embarque pour l'ascenseur, tout juste réparé, mais l'engin est brutalement décroché avant d'arriver au sommet. Kengo qui se remet de ses blessures, fait une étonnante découverte et le manga prend alors une tournure insoupçonnée. Un sombre culte Maya serait à l'origine de tous les maux du vaisseau. Quoiqu'il en soit, l'ambiance est assez pesante, et au fil des pages, des situations inexplicables vont se produire au sein de la station. Sans compter que le héros lui même sera confronté à des visions d'horreur, dans la plus pure tradition des films japonais (The Grudge, Appartement 1303, etc).