Dans l’étrange village de St. Mystere, les habitants ont de drôles de manies. Après la mort d’un riche baron, son testament révèle l’existence d’un trésor caché quelque part dans le village. Professor Layton doit donc déchiffrer les devinettes et les casse-tête de St-Mystere, trouver le trésor caché et résoudre le mystère. Concrètement, Professor Layton se présente comme un jeu d'aventure point'n click. Les déplacements se font au stylet et une carte est présente sur l'écran supérieur pour indiquer où l'on peut aller. Les casse-tête varient de labyrinthes en passant par des problèmes mathématiques, aux traditionnelles figures à reconstituer. Et pour progresser, il faudra explorer St. Mystere de fonds en combes et surtout parler à tout le monde. Nonobstant, Professor Layton se veut assez grand public, et offre la possibilité d'utiliser trois indices pour résoudre chaque énigme. Naturellement, si vous n'avez recours à aucun joker, vous gagnerez davantage de picarats, une monnaie dont l'utilité sera connue à la fin du jeu.

Les scènes animées avec dialogues permettent de donner du rythme à l’histoire tandis que les villageois drôles (et souvent excentriques) ainsi que le graphisme classique dessiné à la main fournissent un charme élégant au jeu de Level 5. Cela se ressent également du côté de la bande son, très jolie et assez rétro aussi. Plus de 120 problèmes sont proposés dans la cartouche, correspondant à neuf chapitres (des bonus seront à débloquer naturellement). La durée de vie est donc à la hauteur avec une bonne quinzaine d'heures, sans compter que Nintendo mettra chaque semaine un nouveau casse-tête à télécharger sur la Nintendo Wi-Fi Connection.