La lutte contre la triche est devenue un sujet brûlant depuis la sortie de la Steam Deck de Valve, car de nombreux développeurs ont commencé à intégrer la compatibilité Linux à leurs jeux, destinés à la console portable. Cependant, plusieurs grands studios hésitent encore à prendre en compte les joueurs Linux lors du lancement de projets multijoueurs. À l'approche de la sortie en mars, une page Steam pour Marathon est déjà apparue, confirmant que le jeu utilisera le système anti-triche BattlEye avec un accès au niveau du noyau, ce qui élimine de fait la compatibilité avec la Steam Deck et d'autres distributions Linux.

Comme de nombreux systèmes anti-triche, BattlEye dispose officiellement d'un mode de compatibilité Linux, mais sa prise en charge dépend entièrement du développeur. Il est à noter que Destiny 2, un autre jeu de Bungie utilisant BattlEye, n'est pas compatible avec Linux, ce qui indique que le développeur a toujours hésité à l'intégrer. Cela est probablement dû soit à la charge de travail supplémentaire que représente la prise en charge de cette plateforme, soit à la croyance répandue que Linux est particulièrement vulnérable à la triche. De plus, les développeurs n'ayant jamais mentionné la compatibilité avec Steam Deck lors de l'annonce de Marathon, la probabilité d'une version Linux fonctionnelle semble extrêmement faible. Et ce, malgré le fait que, selon la dernière enquête Steam, la base d'utilisateurs Linux continue de croître lentement, atteignant 3,8 % de l'audience totale du service. Cela représente une audience importante.