Après quelques péripéties dans la région de Rush Valley, Edward et Alphonse quittent leur amie Winry, qui veut se perfectionner en mécanique, pour continuer leur voyage vers le sud du pays. Toujours en quête d’informations concernant la transmutation humaine, nos deux alchimistes se rendent chez leur maître, la terrible Izumi Curtis. C’est l’occasion de se remémorer les conditions de leur rencontre et le terrible entraînement qu’elle leur a fait subir. Flash-Back donc ...

Les frères Elrics vont cependant devoir bientôt faire face à une mystérieuse organisation composée d'hommes aux pouvoirs sortants de l'ordinaire. Une rencontre dangereuse, mais qui va quelque peu informer nos deux héros, et dégager peu à peu la route vers la vérité ....