Aladin est un jeune garçon étrange qui ne se sépare jamais de sa flûte. En effet, elle abrite Hugo, un géant à la force surpuissante. Aladin va faire la connaissance d'Ali Baba qui voit en cette flûte magique un chemin rapide vers la fortune et la gloire. Les deux compagnons partent explorer de mystérieux labyrinthes qui attirent les aventuriers de tout le pays.

Nous plongeant au cœur des 1001 nuits, Magi met en scène un personnage d'Aladin bien loin des contes d'autrefois. On ignore d'ailleurs tout de son passé, si ce n'est qu'il a un jour rencontré un génie et qu'il ne lui a demandé qu'une seule chose, devenir son ami. Depuis, Hugo, est enfermé dans sa flûte, mais suite à un problème, il ne parvient plus en sortir sa tête. Ali Baba (sans les quarante voleurs) voit en la flute un élément essentiel pour visiter les mystérieux labyrinthes qui parsèment la région. Après avoir réussi avec succès d'en traverser un, Aladin est malheureusement expédié bien lui de chez lui, et intègre une tribu qui vit dans les plaines.  Morgiane a quant à elle débutée une nouvelle vie, mais son cheminement pour être en paix semble encore long. Là voici justement parti livrer bataille contre une bande de voleurs. Si elle parvient à faire rapidement le ménage dans leurs rangs, droguée par les griffes d'un aigle, elle se retrouve enrôlée par un marchand d'esclaves. Décidée à ne pas retrouver ce terrible passé, Morgiane parvient à s'échapper, et retrouve Aladin qui avait été fait prisonnier par les voleurs. Tous deux font route vers Balbad, où ils pensent retrouver leur ami Ali Baba. Hélas, ce dernier a beaucoup changé en six mois, et pas forcément dans le bon sens. Mais auparavant, notre duo de personnages rencontrera un personnage fantasque, un certain Sinbad. Aladin a décidé de protéger la ville où Ali Baba a grandi, mais un autre Magi n'a de cesse de le provoquer. Le combat promet d'être incertain, surtout que Hugo, le djinn d'Aladin, semble désormais agir seul.