Naïf et idéaliste, Fuku est un lycéen pas comme les autres : il est membre d’un oendan, un groupe de supporteurs. Son plus grand plaisir est d’encourager les autres. Mais son existence est bouleversée lors d’une visite déroutante dans le quartier chaud de Shinjuku. Dès lors, il n’aura plus qu’un seul but : aider hôtes, hôtesses, gigolos et travestis à ne pas s’égarer dans la vie nocturne tokyoïte.

Shinjuku Fever suit la trajectoire de Fuku, supporter du club de baseball du lycée (ou ce qui en reste). Alors que son entrée à l'université semble pour le moins délicate, il décide d'aller suivre des cours d'été à Tokyo accompagné d'un de ses amis. Mais à peine entrent-ils dans le quartier de Shinjuku que les voilà piéger dans un bar à arnaques. Alors qu'il s'apprêtait à passer un mauvais quart d'heure, Fuku retrouve l'ancien chef des supporters de son village, qui travaille désormais dans un "Host Club", un bar où les femmes payent les hommes afin qu'ils leur tiennent compagnie. Fuku se retrouve embrigadé dans ce monde de la nuit, où rien ne se déroulera forcément comme prévu.

Aujourd'hui, il est temps de découvrir la rencontre entre Hyde et Ume, un évènement qui resurgit suite à la réapparition de Matsu, leur ennemi commun. Comme par hasard, Fuku a sympathisé avec l'individu en question ! Pendant ce temps, Chika s'intègre de mieux en mieux à la bande, mais hormis Fuku, Nobyo et Hyde, personne ne connaît son secret !