Résumé des épisodes précédents : Après la mort de Jimmy, Clark décide d'abandonner son côté humain et d'accepter sa destinée. Pendant ce temps, Lois revient de l'endroit ou elle avait disparu et se retrouve dans un train, mais quelqu'un l'a suivie et tente de la tuer. Le train sur lequel elles sont déraille, et Clark les sauve et découvre que Loïs est revenue.  Clark fait un rêve qui se déroule en 2013 et dans lequel il travaille toujours au Daily Planet avec Lois, où Perry White est rédacteur en chef, où Olsen travaillerait comme photographe, où on peut voir sur la couverture du Daily Planet que Lex se présente comme président, et où un homme en costume bleu et rouge empêche un avion de s'écraser sur l'immeuble du Daily Planet. À son réveil, Clark ouvre une boite, offerte par sa mère, où on peut voir refléter dans son œil le symbole de sa famille et plus particulièrement celui de Superman. La saison 9 se termine par l'utilisation du Livre de Rao en envoyant tous les Kryptoniens vers leur nouvelle planète, tous, sauf Clark qui se fait poignarder par Zod avec une lame de kryptonite bleue qui l'empêche d'être téléporté vers cette nouvelle Krypton. Clark tombe ensuite du haut de l'immeuble sur lequel il se battait avec Zod, et pour la première fois depuis la saison 6, la série se termine par un "à suivre".

Après la chute de Clark, celui-ci se retrouve dans un monde entre la vie et la mort. Jor-El lui dit qu'il a échoué dans sa mission. Clark voit une tombe portant son nom, il la brise. Il aperçoit la silhouette de Lex derrière lui. A ce moment Loïs enlève la lame de kryptonite bleue de son corps et assiste, cachée, à la guérison instantanée de Clark. Elle continue de trouver des indices sur le secret de Clark en consultant des articles de La Torche. Chloé, quant à elle, utilise le casque de Kent Nelson pour retrouver Oliver qui est séquestré et torturé. Elle informe également Clark pour le laboratoire Cadmus. Tess, qui a ressuscité et qui s'est réveillée dans le laboratoire Cadmus, découvre avec effroi des clones que Lex Luthor avait créés pour se guérir. Elle y est retenue prisonnière jusqu'à l'arrivée de Clark. Elle l'informe alors qu'un des clones de Lex a tué tous les autres et lui demande de le rejoindre dans un champ. Par ailleurs, une nouvelle menace plane sur la Terre. L'intrigue se termine sept ans plus tard, en 2018, Lex Luthor est devenu Président des États-Unis d'Amérique, Perry White est le rédacteur en chef du Daily Planet, Lois travaille comme rédactrice au Daily Planet, et Clark est enfin devenu Superman ...