Proche de la version précédente, Pro Cycling Manager 2006 vous propose de diriger une des plus grandes équipes actuelles de cyclisme,  pendant de nombreuses étapes. La grande nouveauté de cette année est que le jeu dispose désormais de la licence du Tour de France. Ainsi vous retrouvez tous les ténors de la compétition tels que Jan Ullrich ou encore Ivan Basso (toutes les équipes sont présentes), ainsi que les étapes précises de la grande boucle.

En tant que directeur sportif, vous êtes en charge des efforts physiques et des stratégies de vos coureurs lors des étapes entièrement réalisées en 3D et plutôt bien réalisées.  Durant la phase de course justement, vous devrez attaquer, contre-attaquer, protéger votre leader, faire des relais et enfin lancer les sprints pour espérer faire monter l'un de vos cyclistes sur la plus haute marche du podium. A noter que l'intelligence artificielle est assez réactive et que vos protégés n'hésiteront pas à s'exprimer, surtout si votre communcation avec les médias n'est pas très pertinente.