Aladin est un jeune garçon étrange qui ne se sépare jamais de sa flûte. En effet, elle abrite Hugo, un géant à la force surpuissante. Aladin va faire la connaissance d'Ali Baba qui voit en cette flûte magique un chemin rapide vers la fortune et la gloire. Les deux compagnons partent explorer de mystérieux labyrinthes qui attirent les aventuriers de tout le pays. Nous plongeant au cœur des 1001 nuits, Magi met en scène un personnage d'Aladin bien loin des contes d'autrefois, dans une série encore en activité au Japon (vingt-deux tomes à ce jour aux éditions Shogakukan). On ignore d'ailleurs tout de son passé, si ce n'est qu'il a un jour rencontré un génie et qu'il ne lui a demandé qu'une seule chose, devenir son ami. Depuis, Hugo, est enfermé dans sa flûte, mais suite à un problème, il ne parvient plus en sortir sa tête. Ali Baba (sans les quarante voleurs) voit en la flute un élément essentiel pour visiter les mystérieux labyrinthes qui parsèment la région. Après avoir réussi avec succès d'en traverser un, Aladin est malheureusement expédié bien loin de chez lui, et intègre une tribu qui vit dans les plaines. Morgiane a quant à elle débutée une nouvelle vie, mais son cheminement pour être en paix semble encore long. Quant à Ali Baba, il a beaucoup changé en six mois, et pas forcément dans le bon sens.

L'heure est maintenant venue de pénétrer à Magnostadt, la terre de magie où Aladin va poursuivre son apprentissage de Magi. Pendant ce temps, Ali Baba se rend à Rehm, où il doit trouver les Yambaras pour l'aider à mieux contrôler ses pouvoirs. Cela sera l'occasion de retrouver certains personnages, pas toujours sympathiques de surcroît. Quant à Morgiane, elle est toujours déterminée à se rendre dans le continent obscur. La route est délicate car elle doit trouver un gigantesque gouffre dont personne n'est jamais revenu ! Aladin gravit peu à peu les échelons de l'académie et rencontre bientôt le sorcier Titos, qui possède une puissance supérieure à la sienne. Un nouveau défi est sur le point de se présenter ...