La découverte d'un antidote à la condition mutante menace le cours de l'histoire. Pour la première fois, les mutants ont le choix : conserver leurs pouvoirs et rester isolés du reste de l'humanité, ou les abandonner et redevenir des humains comme les autres. Cette décision divise les mutants et mène au plus violent des affrontements entre les camps du Professeur Xavier et de Magneto.

Dernier volet de la trilogie X-Men, L'Affrontement Final propose un final pour le moins impressionnant avec moults effets spéciaux, une intrigue qui s'épaissit, et pas mal de surprises. On découvre d'ailleurs sur le disque un reportage sur l'évolution de la trilogie assez intéressant à visionner.  En dehors de cela, le réalisateur Brett Ratner délivre son journal de bord sur la production du film, on trouve quelques scènes coupées, ainsi que les coulisses du long métrage.