Kanji Sasahara est un jeune étudiant, qui rentre en première année à l'université. Fan de mangas et d'animes, il cherche à adhérer à un club universitaire donc, celui de "culture visuelle moderne", aussi nommé Genshiken. Derrière cet intitulé nébuleux se cache en réalité le repaire des otakus. Éloigné de toute civilisation, ce petit groupe ira de discussions en débats jusqu’à l’intrusion de Saki, une jeune fille «normale» amoureuse de l’un des membres…provoquant ainsi la confusion des genres entre profane et otaku.

L'anime est en effet une véritable mise en abyme sur les activités réelles des otakus japonais. On y découvre tout, que ce soit les conventions très ciblés, les concours de cosplays (ou comment se grimmer en ses personnages favoris) ou encore la construction des modèles réduits de mechas (les fameux robots type Gundam). Naturellement, le tout est porté par un humour constant, grace à des dialogues efficaces, et finalement des comportement décrits assez réalistes, et loin de la caricature de certains mangas Occidentaux. En outre, le personnage de Saki prend son essor dans ce deuxième coffret, et fait preuve d'un tout comportement qu'auparavant. Sur le plan technique, le résultat est similaire au premier, soit un anime très réussi.