L’histoire de STAR OCEAN: Integrity and Faithlessness se déroule entre les événements de STAR OCEAN: The Second Story et STAR OCEAN: Till the End of Time, des siècles après que les humains ont quitté la Terre pour s’envoler vers les étoiles. Sur une planète du système stellaire très lointain de Faykreed, le bretteur Fidel Camuze et son ami d’enfance Miki Sauvester vont tout faire pour protéger leur village des troubles civils qui menacent de tout anéantir.