Evoluant dans un univers gothique assez étrange, Pandora Hearts met en scène le jeune Oz Vessalius, 15 ans, héritier d’un des quatre grands duchés du pays. Alors que se prépare la cérémonie de passage à l'âge adulte, Oz se sent attiré par une monstre à goussets, attachée à une mystérieuse tombe, et est en proie à de mystérieuses visions, qui semblent pour le moins réels. Le jour de la cérémonie, des individus masqués s'invitent à la fête et enlèvent Oz. Désormais dans l'Abysse, un monde sombre et loin de tout, il a été condamné pour un crime dont il ignore tout.

Seul et désorienté, Oz doit se méfie de ce nouvel environnement pour le moins hostile. Des créatures ténébreuses vivent en effet non loin d'ici, et sont capables de prendre une apparence humaine pour tromper leur victime. Pourtant, Oz doit penser à quitter l'Abysse, quitte à signer un pacte contre nature. C'est pourquoi il accepte la proposition de la mystérieuse Alice, la seule en mesure de pouvoir retourner sur Terre. Le contrat étant signé, tous deux entament un long voyage et débarquent chez l’organisation secrète Pandora, un organisme qui mène l'enquête sur les mystères entourant l’Abysse ...