Évoluant dans un univers gothique assez étrange, Pandora Hearts met en scène le jeune Oz Vessalius, 15 ans, héritier d’un des quatre grands duchés du pays. Alors que se prépare la cérémonie de passage à l'âge adulte, Oz se sent attiré par une monstre à goussets, attachée à une mystérieuse tombe, et est en proie à de mystérieuses visions, qui semblent pour le moins réels. Le jour de la cérémonie, des individus masqués s'invitent à la fête et enlèvent Oz. Désormais dans l'Abysse, un monde sombre et loin de tout, il a été condamné pour un crime dont il ignore tout. Après être sorti de l'Abysse, Oz est recueilli chez les étranges Rainsworth, en réalité membres de l'organisation Pandora. Depuis sa virée  en dehors du temps et de l'espace, Oz retrouve un monde qui pour le moins changé. Plus inquiétant, un tatouage est apparu sur le torse d'Oz, représentant le cadran d'une horloge. Lorsque l'aiguille aura fait un tour complet, ce dernier sera propulsé au plus profond de l'abysse. Nous n'en sommes pas encore là cependant, l'aiguille avançant très doucement pour le moment. Mais Gilbert prend conscience que la fin d'Oz se précise ...

Grâce au sacrifice de Gilbert et d’Oscar, Oz fausse compagnie aux Baskerville et parvient à quitter le QG de Pandora par la porte de Lucas. Recueilli par Reim, il trouve refuge au lycée Lutwidge. Mais les faucheurs pourpres ne comptent pas en rester là : ils menacent d’exécuter Sharon, Xerxes et la duchesse Rainsworth si le jeune garçon refuse de se livrer. Hélas, tandis que Reim, Oz et les autres découvrent la vérité, le chef des Baskerville exerce sa vengeance sur celui qui l’a trahi. Et le pire est encore à venir. Voilà que Zwei part pour Sablier en prenant Ada Vessalius en otage ! Le monde est sur le point de sombrer… Oz, Gilbert et Alice parviendront-ils à empêcher Glen de modifier le passé ? Séparé de ses alliés, perdus dans les méandres de Sablier, Xerxes réussit à rattraper Glen, sur le point d’ouvrir un portail vers le passé. Mais Jury ne l’entend pas de cette oreille et lui refuse le passage... jusqu’à ce que Vincent Nightray utilise son pouvoir d’enfant maudit pour la réduire à l’impuissance ! Le Chapelier tente alors de gagner du temps pour empêcher le chef des Baskerville de mener à bien son projet, sans succès. À bout de forces, il parvient dans un ultime effort à créer une brèche dans cette dimension pour qu’Oz et les autres le rejoignent...