Après votre victoire sur le monde trois dans le précédent tom, Megaman et Lan pensaient être tranquille. Malheureusement un nouvel ennemi débarque, Gospel. Il désire détruire le coeur de Dentech, afin de soutirer une énorme somme d'argent au près des autorités. Pourtant il est hors de question de cèder à ses cyber-terroristes et Megaman et Lan vons repartir à l'assaut accomapgné de Protoman, Roll et Iceman, un nouvel allié.

De lourds combats vous attendent contre Quickman, Cutman ou encore Airman. Cependant, après vous êtes défait de cette organisation, voici le retour du monde 3 et du Dr Willy bien décidé à en finir avec vous. Megaman en est la première victime, contaminé par un virus qui est en train de réecrire son code. Une situation qui semble sans issue, mais le père de Lan a crée le Change Bat, un programme encore expérimental sensé  renforcer les programmes de Navi. Soutenu par Lan qui considère le robot comme son ami, et voyant la difficulté dans laquelle il se trouve, Megaman va lutter et se métamorphoser. Une combinaison différente, comme s'il avait fusionné avec Lan, et de nouveaux pouvoirs lui sont conferrés. Cela ne sera pas de trop face à la nouvelle menace de l'Ultime Navi, un programme qui semble invulnérable. La suite dès Janvier !