A cause de l'échec de la tentative de ramener leur mère à la vie, les frères Edward et Alphonse Elric sont marqués pour le reste de leur existence. L'un d'eux perd la vie et ne peut continuer à exister que dans une armure métallique, l'autre reçoit des membres artificiels. Les deux sont acceptés par les alchimistes de l'État afin qu'ils puissent recevoir une éducation adéquate. Cela leur donne également la possibilité de rechercher la "pierre philosophale". Ils se rapprochent assez de leur objectif lorsqu'ils rencontrent un groupe de personnes qui y travaillent. Le tout se termine presque par une débâcle, mais ils peuvent être sauvés. Cependant, Alphonse en particulier se retrouve avec des questions, ce qui conduit à une grave crise entre lui et son frère.

Le sixième volume de Fullmetal Alchemist Perfect nous présente une tonne de nouveaux personnages et plonge dans le meurtre du colonel Maes Hughes. Tout d'abord, nous sommes ramenés dans la ville minière de Youswell où une jeune fille nommée Mei s'est effondrée de faim. Elle a traversé le désert depuis le pays de Xing. Elle apprend qu'Edward Elric est un prodige de l'alchimie et décide de le traquer pour devenir son élève. Sur ses traces se trouve un prince de Xing nommé Ling. Il est aussi ici pour étudier l'alchimie mais il cherche surtout la pierre philosophale. Pendant ce temps, le colonel Mustang fait des recherches sur la mort de Maes Hughes et déterre des informations troublantes. En parallèle, l'un des subordonnés du major Armstrong est accusé du meurtre et incarcéré. Mustang apprend l'arrestation et décide de la poursuivre. Tout cela se produit lorsque Barry le boucher est amené devant Mustang qui l'interroge. La grande question est maintenant de savoir si Barry the Chopper est vraiment celui qu'il prétend être, car le volume se termine par la libération par Lust d'une autre âme en armure portant également le même nom. Comme d'habitude avec Fullmetal Alchemist, il y a une tonne d'informations et de développement de personnages à avoir ici. L'histoire avance et certains événements du tome 5 apparaissent encore plus clairement dans ce volume, notamment en ce qui concerne l'armée. Un point important de l'intrigue a été révélé, impliquant la chaîne de commandement, qui avait été suggéré dans le tome 5 mais confirmé ici dans le tome 6, ajoutant ainsi une toute nouvelle dynamique à l'histoire globale.