Après un très grave accident qui l'a considérablement amoindri, Shiki Tohno a perdu toute mémoire claire de sa vie auparavant et a été chassé de la maison de famille. Des années plus tard, alors qu'il est lycéen, son père, chef de la famille Tohno, meurt. Sa soeur Akiha, l'héritière directe, lui ordonne de revenir. Shiki cache cependant un lourd secret. Depuis sa blessure, il jouit de la capacité de voir sur les objets les "lignes de la mort", qui lui permettent de découper n'importe quoi à l'aide d'un objet tranchant. Seule la paire de lunettes qu'il porte lui permet de voir normalement. Le jour de son retour à la maison de famille, il se heurte sur une femme nommée Arcueid Brunstud, qu'il décapite dans un accès de folie. Cette dernière se relève alors saine et sauve et demande à Shiki de devenir son garde du corps. Le parcours pour démêler son passé débute alors ...