Metroid Prime débute au coeur de l'espace, où l'héroïne reçoit un signal de détresse emmanant d'un vaisseau des pirates de l'espace. L'équipage a été tué par des mutants issus d'expérience génétiques, que Samus va devoir annihilé. Néanmoins, le processus d'autodestruction de la base a été lancé et  Samus subit de lourds dommages dans la bataille, obligeant à débuter une longue quête sur la planète Tallon IV pour restaurer les capacités de son armure. Quelques mois plus tard, dans Metroid Prime Echoes, Samus doit se rendre sur Aether afin de retrouver une équipe de la Fédéraction Galactique. Hélas, ce monde est littéralement coupé en deux avec d'un côté la dimension lumineuse où vivent les paisibles Luminoth, de l'autre les ténèbres où les monstrueux Ing préparent leur conquête de la planète tout entière, grâce à l'aide de Dark Samus, un double maléfique de Samus. Enfin, dans Metroid Prime 3 : Corruption (lancé sur Wii en 2007), le réseau informatique de la Fédération a été attaqué par un virus engendré par Dark Samus (encore) et né grâce aux graine de phazon, une puissante matière permettant de décupler la force mais qui altère l'esprit jusqu'à le corrompre totalement. Plusieurs chasseurs de prime en feront les frais, ce qui ajoutera une kyrielle de nouveaux ennemis à la belle Samus. Seul espoir d'en finir avec tout cela, détruire la source du phazon, située sur la planète Phaaze.

Le développeur texan Retro Studios s'est fait un nom avec la série Metroid Prime, une trilogie sans faille aujourd'hui réunie dans un coffret collector pour la Wii. A la base, les deux premiers épisodes sont sortis sur GameCube (en 2003 et 2005) et ont donc été retouchés pour leur passage sur Wii. Outre des graphismes améliorés, est surtout au niveau de la jouabilité que l'on ressent le changement. Le contrôle de visée est rendu très intuitif grâce à la Wiimote et la direction artistique sans faille des trois jeux nous embarque dans un périlleux voyage d'une soixantaine d'heures, où Samus Aran ne sortira pas indemne. Une superbe odyssée tout simplement.