Ce jeu Wii U haut en couleurs va débarquer sur Nintendo 3DS. Cette version contient de nouvelles fonctionnalités, ainsi que tous les stages de la version originale. Les nouveaux stages exclusifs se focalisent sur Poochy, le compagnon de Yoshi : les joueurs vont devoir bien calculer les sauts de Poochy pour récolter les perles et les Tipoochy sur leur route. Les Tipoochy sont de curieuses petites créatures qui aideront les joueurs en sautant à certains endroits spécifiques afin de leur indiquer où se trouvent les secrets et les objets collectionnables. Nintendo et Dwarf, le studio japonais d’animation en stop-motion, collaborent pour la création de 30 courts animes dont Yoshi et Poochy seront les stars. Ces animes seront inclus dans la version Nintendo 3DS du jeu.