Valkyria Chronicles se déroule en l'an 1935 E.C., alors que le continent d'Europa est en proie à la Seconde Guerre Européene, voyant s'affronter l'Alliance impériale autocratique est-européane et la Fédération atlantique autour de la question d'un minerai précieux nommé le ragnite. Tel un feu de forêt incontrôlé, l'empire s'est lancé dans une vaste conquête du continent, bien décidé à mettre la main sur les abondants gisements de ragnite de la principauté de Gallia. Gallia, qui avait pourtant fait le choix de rester neutre dans le conflit, est maintenant contraint de se défendre contre l'envahisseur. Les joueurs suivent le lieutenant Welkin Gunther et le célèbre Escadron 7 de la milice gallienne dans leur combat contre les forces en apparence implacables de l'empire.