Un Iris est un pouvoir spécial, permettant à une personne de voir en "réalité augmentée" si l'on peut dire. Il y a vingt-sept ans, seul 1% des enfants étaient nés avec cette capacité. Cinq ans plus tard, les courbes s'inversèrent et moins de 1% des enfants ne possédaient pas cette compétence. C'est le cas de Toru Mizushima, qui comme les adultes, n'a pas d'Iris (d'où le titre Iris Zero). Dans le passé, il a été la cible de discrimination et a été fréquemment attaqué à cause de cela. C'est pourquoi il vit quelque peu replié sur lui même maintenant, et évite de s'exposer avec d'autres élèves. Mais les choses se compliquent lorsque Koyuki Sasamori, une fille populaire du lycée, vient lui parler et lui demander de l'aide. La faculté de Koyuki permet de savoir qui est qualifié pour telle tâche, et c'est pourquoi elle doit souvent choisir les fonctionnaires et les membres du personnel. Aujourd'hui, elle doit trouver le nouveau président du conseil des élèves, et après des jours de recherches, le résultat est toujours nul.  Elle a donc cherché qui pourrait l'aider dans sa mission, et c'est Toru qui est apparu. Bien qu'il se montre assez réticent, Toru finira malgré tout à accepter cette requête et Koyuki sera finalement choisie comme président du conseil des élèves. Si Toru pensait en rester là, Koyuki est déjà devenue une partie importante de sa vie, et cela risque de changer beaucoup de choses.

Après bien des déboires, Tôru semble enfin mener une vie de lycéen tout à fait normale. A contrario, Nanase demande à Hijiri de devenir son petit ami, ou plutôt d'incarner ce rôle auprès de sa mère. Voilà qui promet une rencontre explosive ! Mais Koyuki revient bientôt dans tous les esprits. C'est son anniversaire, et personne ne sait vraiment quoi lui acheter. La séance de shopping risque d'être compliqué, surtout que la tension monte rapidement entre Tôru et Horumi. Une discussion animée qui montre surtout que les deux personnages se sont beaucoup rapprochés, quoiqu'ils en disent. Tout laisse croire que Tôru est bien intégré dans son groupe, mais une question interpelle tout le monde. Quand va t-il enfin déclarer sa flamme à Koyuki ? Sa situation d'Iris Zero l'empêcherait-il d'aborder sereinement ce changement de relation ?