Rappelons brièvement le synopsis de Full Metal Alchemist. Deux frères, Edward et Alphonse Elric, voulaient ressusciter leur mère en utilisant une technique des alchimistes, la transmutation humaine. Bilan, un fiasco total et des conséquences importantes pour nos personnages. L'un se retrouve prisonnier d'une armure métallique, l'autre perd un bras et une jambe. Votre mission est désormais de mettre la main sur la pierre philosophale qui pourra vous rendre votre apparence.

Après un violent combat contre le puissant Scar, les frères Elric sont en assez mauvaise état. Ils décident donc de rentrer dans leur village natal afin de réparer leur corps auprès de Winry Rockbell, une amie d'enfance et sa grand-mère Pinako Rockbell. Nonobstant un nouveau conflit se prépare dans la capitale Central.