Jio amnésique et devenu adulte, est recueilli par le peuple des Cyclops. C'est alors que Ball entre en scène, ayant enfin retrouvé son ami après des années de recherche infructeuse. Après un petit briefing, les deux compères décident de se rendre au Quartier Général des forces gouvernementales de Stea, afin de libérer Ruby, dont le corps est en sommeil artificiel dans les sous sols du bâtiment. Une nouvelle quête peut commencer.

La mission n'est pas simple surtout que la grande prêtresse de Stea, Amaterasu Miko, en veut énormément à Cross de les avoir trahis. Naturellement, un comité d'accueil spécial va attendre Jio : l'Ange Michael et un Cyclops. S'ensuivra un long combat, mais Jio sait pourquoi il est là, et il va parvenir à sauver Ruby.