Alors que Prototype 2 (PS3, PC, X360) est déjà en développement, Ken Rosman, le producteur exécutif du jeu, a déclaré auprès du magazine officiel Xbox 360 britannique, que la série pourrait à l'avenir évoluer vers un jeu de tir à la première personne (FPS) ou tout autre chose. Radical Entertainment a beaucoup d'idées sur le futur de Prototype et entend les exploiter.